消毒房内装有脱臭塔除臭，臭气通过塔内排出。然后将脱臭和消毒的粪便，有机菌基材，配上---的天然矿物，如磷矿粉、白云石和云母粉等，进行造粒，再烘干，即成有机肥料。其工艺流程如下：粪便集中～脱水～消毒～除臭～配方搅拌～造粒～烘干～过筛～包装～入库。总之，通过有机肥的无害化处理，可以达到降解有机污染物和生物污染的目的。
1886-1888年德国科学家赫尔里格尔（h.hellriegal）在砂培条件下证明，豆科植物只有形成根瘤菌才能固定---中的氮。1888年荷兰学者贝叶林克（m.w.beijerinck）分离了根瘤菌，有机菌基材规格，这是微生物肥料方面的突破。现已明确那是根瘤菌的作用。这些---的发现，促使了一家美国公司纳特尔公司于1898年生产和销售了土壤---接种剂。自此以后，有机菌基材厂家，就有诸多的---制剂用于土壤和农作物种子的拌种和包衣。
制作难点
（1）一种微生物具有提供植物营养功能（如固氮基因等），但不一定能具有分解污染的能力（即分解物质的基因）。要实行基因转移十分困难，还要---的投资；
（2）土壤污染物种类很多，现已有105种以上的物质对环境造成了污染。这些污染物结构和化学成分各不相同，所以不可能用105种微生物混合一起来做成制剂。基因转移更难以达到；
（3）生物杀虫剂和生物除莠剂等的原理和差异十分---，有机菌基材厂，原则上为一菌一种用途。所以只能制成单一的菌剂。而且发挥作用的时间较长；
（4）生物肥料中的菌剂有些不是典型的土壤微生物，当其制成菌剂施入土壤后难以成活，而且在使用前通常也只能保持3个月的货架期。
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